In silico studies of the effect of phenolic compounds from grape seed extracts on the activity of phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and the farnesoid x receptor (FXR)

Vaqué Marquès, Montserrat

Descripción:

In silico studies of the effect of phenolic compounds from grape seed extracts on the activity of phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and farnesoid X receptor (FXR)Montserrat Vaqué Marquès En aquesta tesis es pretén aplicar metodologies computacionals (generació de farmacòfors i docking proteïna lligand) en l'àmbit de la nutigenòmica (ciència que pretén entendre, a nivell molecular, com els nutrients afecten la salut). S'aplicaran metodologies in silico per entendre a nivell molecular com productes naturals com els compostos fenòlics presents en la nostra dieta, poden modular la funció d'una diana comportant un efect en la salut. Aquest efecte es creu que podria ser degut a la seva interacció directa amb proteïnes de vies de senyalització molecular o bé a la modificació indirecta de l'expressió gènica. Donat que el coneixement de l'estructura del complex lligand-receptor és bàsic per entendre el mecanisme d'acció d'aquests lligands s'aplica la metodologia docking per predir l'estructura tridimensional del complex. En aquest sentit, un dels programes de docking és AutoGrid/AutoDock (un dels més citats). No obstant, l'automatització d'AutoGrid/AutoDock no és trivial tan per (a) la cerca virtual en una llibreria de lligands contra un grup de possibles receptors, (b) l'ús de flexibilitat, i (c) realitzar un docking a cegues utilitzant tota la superfície del receptor. Per aquest motiu, es dissenya una interfície gràfica de fàcil ús per utilitzar AutoGrid/AutoDock. Blind Docking Tester (BDT) és una aplicació gràfica que s'executa sobre quatre programes escrits en Fortran i que controla les condicions de les execucions d'AutoGrid i AutoDock. BDT pot ser utilitzat per equips d'investigadors en el camp de la química i de ciències de la vida interessats en dur a terme aquest tipus d

Tipo:

info:eu-repo/semantics/publishedVersion
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis

Coautor:

Departament de Bioquímica i Biotecnologia
Universitat Rovira i Virgili.

Títol:

In silico studies of the effect of phenolic compounds from grape seed extracts on the activity of phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and the farnesoid x receptor (FXR)

Idioma:

eng

Materia:

577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica

Formato:

application/pdf

Autor:

Vaqué Marquès, Montserrat

Derechos:

info:eu-repo/semantics/openAccess
ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al repositori institucional de la Universitat Rovira i Virgili. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a aquest repositori (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

Fecha:

2007-12-19

Editor:

Universitat Rovira i Virgili

Materia:

577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica

Idioma:

eng

Editor:

Universitat Rovira i Virgili

Fuente:

TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Identificador:

urn:isbn:9788469115534
http://hdl.handle.net/10803/8664

Formato:

application/pdf

Palabra clave:

Nutrigenomics
3D-Qsar
Phenolic compounds
Docking
Pharmacophore
PI3K
FXR

Fecha:	2007-12-19
Departamento/Instituto:	Departament de Bioquímica i Biotecnologia Universitat Rovira i Virgili.
Director:	Pujadas Anguiano, Gerard
Autor:	Vaqué Marquès, Montserrat
Título:	In silico studies of the effect of phenolic compounds from grape seed extracts on the activity of phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and the farnesoid x receptor (FXR)

Información