Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution

Marcet Houben, Marina

Belongs to TDX:SerieTesis collection

TITLE:

Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution - TDX:464

Handle:

http://hdl.handle.net/20.500.11797/TDX464

Date:	2010-07-13
Departament/Institute:	Departament de Bioquímica i Biotecnologia Universitat Rovira i Virgili.
Director:	Gabaldón Estevan, Juan Antonio, 1973-
Author:	Marcet Houben, Marina
Title:	Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution

Search your record at:

Available files
File	Description	Format
Memoria	Memory	application/pdf

All objects of this collection

Description:	Els fongs són el grup d'espècies eucariotes amb un major nombre de genomes completament seqüenciats. Per això són un grup ideal on aplicar tècniques filogenòmiques. L'arbre de les espècies és un punt clau en molts anàlisis filogenòmics i com a tal necessitem saber si és fiable. Hem dissenyat diferents mesures que aprofiten la informació d'un filoma per identificar aquells punts en l'arbre de les especies que no estan ben suportats. Les discrepàncies que hem trobat poden ser degudes a successos evolutius (transferència horitzontal, duplicacions,...). Hem demostrat que la transferència horitzontal juga un paper important en l'evolució de fongs. També hem estudiat els efectes de duplicacions en l'evolució de la via metabòlica de la fosforilació oxidativa.Podem concloure que l'arbre de les especies és majoritàriament robust, però que necessitem ser capaços d'identificar nodes subjectes a variacions. Successos evolutius poden ser la causa de les discrepàncies observades en els arbres gènics. Fungi is the eukaryotic group with a largest amount of completely sequenced species and therefore it is particularly well suited for comparative genomics analyses. A species tree is often an important part of phylogenomics analysis. Concern about its reliability led us to design several methods by which we could identify nodes in the species tree that were poorly supported by a whole phylome. We determined that the species tree was mostly well supported but some nodes showed large discrepancies to most genes.These results could partly be attributed to evolutionary events that result in topological changes in gene trees. Our analyses have shown that HGT plays an important role in fungal evolution. Gene duplications followed by differential loss are also often the cause of incongruence. The OXPHOS pathway, despite being formed by multi-protein complexes, has been affected by this process at similar levels than the rest of the genome.
Type:	info:eu-repo/semantics/publishedVersion info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
Contributor:	Departament de Bioquímica i Biotecnologia Universitat Rovira i Virgili.
Títol:	Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
Language:	eng
Subject:	579 - Microbiologia 577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica
Format:	application/pdf
Creator:	Marcet Houben, Marina
Rights:	info:eu-repo/semantics/openAccess ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al repositori institucional de la Universitat Rovira i Virgili. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a aquest repositori (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
Date:	2010-07-13
Publisher:	Universitat Rovira i Virgili
Subject:	579 - Microbiologia 577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica
Language:	eng
Publisher:	Universitat Rovira i Virgili
Source:	TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
Identifier:	urn:isbn:9788469364314 http://hdl.handle.net/10803/8685
Format:	application/pdf
Keywords:	Filofenòmica Transferència horitzontal de gens Fongs Arbre de les espècies

Information