Anàlisi mutacional i estudi d'associació del gen receptor domini discoidina 1 (ddr1) en l'esquizofrènia.

Virgos Matilla, Carmen

Belongs to TDX:SerieTesis collection

TITLE:

Anàlisi mutacional i estudi d'associació del gen receptor domini discoidina 1 (ddr1) en l'esquizofrènia. - TDX:507

Handle:

http://hdl.handle.net/20.500.11797/TDX507

Date:	2004-09-16
Departament/Institute:	Departament de Ciències Mèdiques Bàsiques Universitat Rovira i Virgili.
Director:	Santafé i Martínez, Manel Vilella Cuadrada, Elisabet
Author:	Virgos Matilla, Carmen
Title:	Anàlisi mutacional i estudi d'associació del gen receptor domini discoidina 1 (ddr1) en l'esquizofrènia.

Description:	The aim with this thesis has been to assess the association between the DDR1 gene and schizophrenia and the necessary tools to identify and score SNPs.In the first study, a mutational screening of the coding and exon-intron sequences of DDR1 was performed in 100 samples of schizophrenic patients using the sequencing approach of pooled DNA. A total of 17 genetic variants were identified: 16 SNPs and a deletion of 2 bp.In the second study, a population association and linkage disequilibrium (LD) analyses were carried out on 297 patients and 298 controls of Spanish origin for 5 SNPs within DDR1 region. Significant differences were observed between the haplotype distribution between patients and controls (p=0.002, 500 permutations, Phase). No significant differences were observed in allele and genotype frequencies between groups of study. In addition, pair-wise LD showed that all five SNPs were highly linked with D' values higher than 0.8, except for the N502S variant in the patient group (D' values ranging from 0.17 to 0.72). The potential for population stratification artifact was evaluted by genotyping a set of 25 unlinked markers. Formal testing showed that population structure did not explain the findings. Although no direct correlation was found betweenthe allelic combinations and schizophrenia, it can not be ruled out that other genetic variants in DDR1 or flanking regions could be involved in the disease.In the third study, a new approach for multiplex SNP analysis combining the eTag System with the Invader® method was evaluated. A total of 10 SNPs were analyzed in 540 samples using both the eTag Multiplex Invader Assay and the conventional assay PCR-RFLP to measure genotyping accuracy and reproducibility. The typing concordance between both methods was 100%. This Aquest treball té com a objectiu l'anàlisi de l'associació de variants genètiques en el gen receptor domini discoidina 1 (DDR1) en l'esquizofrènia i de les eines necessàries per la identificació i genotipació d'SNPs.En el primer estudi, es va realitzar una anàlisi mutacional per seqüenciació de pools de mostres de DNA de malalts d'esquizofrènia de les regions exòniques i exó-intró de DDR1. Es van identificar 17 variants: 16 SNPs i una deleció de 2 pb.En el segon estudi, es va dur a terme un estudi d'associació d'haplotips i de desequilibri de lligament (LD) per anàlisi de 5 SNPs en la regió de DDR1 en una mostra de 297 pacients i 298 controls d'origen espanyol. Es van detectar diferències significatives en la distribució d'haplotips entre els dos grups d'estudi (p=0.002, 500 permutacions, Phase), però no en la distribució al.lèlica o genotípica de les variants individuals. El LD entre parelles d'SNPs va tenir valors D' superiors a 0.8 en en ambdós grups. A excepció de la variant N502S per la qual es van observar valors de D' baixos (entre 0.17 i 0.72) solsament en el grup de malalts. Es va descartar que l'associació observada es pogués explicar per una estratificació genètica per estudi de 25 marcadors no lligats. Malgrat no es va trobar una correlació directa entre cap dels al.lels o haplotips de la regió DDR1 i l'esquizofrènia, no es pot excloure la presència d'altres variants en DDR1 o regions flanquejants podrien tenir un paper en l'etiologia l'esquizofrènia.En el tercer estudi, es va avaluar un nou mètode de genotipació d'SNPs per combinació del sistema eTag amb la tècnica Invader®. Un total de 10 SNPs es van analitzar simultàniament en 540 mostres i i els resultats es van comparar amb els obtinguts mitjançant el mètode PCR-RFLP. La concordança entre ambdós mètode
Type:	info:eu-repo/semantics/publishedVersion info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
Contributor:	Departament de Ciències Mèdiques Bàsiques Universitat Rovira i Virgili.
Títol:	Anàlisi mutacional i estudi d'associació del gen receptor domini discoidina 1 (ddr1) en l'esquizofrènia.
Language:	cat
Subject:	616.89 - Psiquiatria. Psicopatologia
Format:	application/pdf
Creator:	Virgos Matilla, Carmen
Rights:	info:eu-repo/semantics/openAccess ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al repositori institucional de la Universitat Rovira i Virgili. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a aquest repositori (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
Date:	2004-09-16
Publisher:	Universitat Rovira i Virgili
Subject:	616.89 - Psiquiatria. Psicopatologia
Language:	cat
Publisher:	Universitat Rovira i Virgili
Source:	TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
Identifier:	urn:isbn:9788469077764 http://hdl.handle.net/10803/8728
Format:	application/pdf
Keywords:	Malva Tobar Zamora

Search your record at:

Available files
File	Description	Format
Memoria	Memory	application/pdf

All objects of this collection

Information