Ús i adaptació d'eines bioinformátiques per l'anàlisi metabolòmic d'orina basat en 1H-RMN

Identificador:  TFG:2944

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFG2944

Autors:  Hernández Cacho, Adrián

Resum:
La metabolòmica es la ciència que estudia els metabòlits presents a les cèl·lules, teixits o inclús organismes complerts. Conèixer l’estat metabòlic d’un sistema biològic ens permet conèixer si aquest funciona amb plena normalitat o pateix alguna anomalia. Per conèixer el metaboloma d'un subjecte, és necessari poder accedir a aquest mitjançant una matriu biològica, com, per exemple, l'orina. L'orina ha estat sempre una important font d'informació mèdica davant d'un possible estat patològic en diferents òrgans o teixits d'un subjecte, ja que, a l'ésser un fluid residual, conté una gran quantitat de metabòlits procedents de diferents vies metabòliques. A més, el procés de recollida de mostres és senzill i no invasiu, necessita menys pretractament en comparació amb altres biofluids, convertint-la en una matriu atractiva per als estudis metabolòmics. Mitjançant Ressonància Magnètica Nuclear (RMN), podem identificar i quantificar els metabòlits presents en l'orina, sent la Ressonància Magnètica Nuclear de protó (1H-RMN) una tècnica robusta per a aquests estudis a causa del seu alt rendiment, reproductibilitat i fàcil manipulació. D'altra banda, la quantificació de metabòlits de baix pes molecular per RMN és un procés difícilment automatitzable per a mostres d'orina per la seva alta variabilitat interindividual. En aquest treball es pretén automatitzar la quantificació de metabòlits de baix pes molecular en mostres d'orina mitjançant 1H-RMN adaptant un programari de Biosfer Teslab optimitzat per a dur a terme la mateixa funció en mostres de sang. Primer, es van identificar els metabòlits present en les mostres d'orina. Per a això, es va usar el programari topspin. Després, es va estudiar que es fa referència és l'idoni per poder quantificar automàticament els metabòlits. Es comparen els mètodes de referència global i referenciat local de senyals, es va determinar que aquest últim és l'idoni per a mostres d'orina per ser més precís i es van referenciar els senyals dels espectres. Posteriorment, es varen deconvolucionar els senyals referenciats adaptant el programari de Biosfer Teslab per a cada senyal. Es van obtenir les àrees dels senyals i es va quantificar la concentració dels metabòlits