In silico studies of the effect of phenolic compounds from grape seed extracts on the activity of phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and the farnesoid x receptor (FXR)

Identifier:  TDX:445

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TDX445

Authors:  Vaqué Marquès, Montserrat

Abstract:
In silico studies of the effect of phenolic compounds from grape seed extracts on the activity of phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and farnesoid X receptor (FXR)Montserrat Vaqué Marquès En aquesta tesis es pretén aplicar metodologies computacionals (generació de farmacòfors i docking proteïna lligand) en l'àmbit de la nutigenòmica (ciència que pretén entendre, a nivell molecular, com els nutrients afecten la salut). S'aplicaran metodologies in silico per entendre a nivell molecular com productes naturals com els compostos fenòlics presents en la nostra dieta, poden modular la funció d'una diana comportant un efect en la salut. Aquest efecte es creu que podria ser degut a la seva interacció directa amb proteïnes de vies de senyalització molecular o bé a la modificació indirecta de l'expressió gènica. Donat que el coneixement de l'estructura del complex lligand-receptor és bàsic per entendre el mecanisme d'acció d'aquests lligands s'aplica la metodologia docking per predir l'estructura tridimensional del complex. En aquest sentit, un dels programes de docking és AutoGrid/AutoDock (un dels més citats). No obstant, l'automatització d'AutoGrid/AutoDock no és trivial tan per (a) la cerca virtual en una llibreria de lligands contra un grup de possibles receptors, (b) l'ús de flexibilitat, i (c) realitzar un docking a cegues utilitzant tota la superfície del receptor. Per aquest motiu, es dissenya una interfície gràfica de fàcil ús per utilitzar AutoGrid/AutoDock. Blind Docking Tester (BDT) és una aplicació gràfica que s'executa sobre quatre programes escrits en Fortran i que controla les condicions de les execucions d'AutoGrid i AutoDock. BDT pot ser utilitzat per equips d'investigadors en el camp de la química i de ciències de la vida interessats en dur a terme aquest tipus d