Data d'alta al repositori: 2025-03-03
Resum: En els estudis de metabolòmica, la identificació i anotació de metabòlits és el principal coll d'ampolla. En aquest projecte s'implementa un algorisme d'anotació basat en R basat en la fragmentació a la font, que compara característiques de dades MS1 d'estudis públics amb espectres MS/MS de la biblioteca NIST. Així, s'assignaran moltes identitats per a metabòlits i molècules desconeguts anteriorment. Al seu torn, es farà la comparació i anàlisi dels metabòlits anotats a través de diferents estudis, obtenint informació de diferents vies metabòliques i comprenent les diferències entre espècies o subjectes. A més, s'analitzaran les associacions metabòlit-metabolit amb una alta correlació a través dels estudis, proporcionant coneixements més profunds. In metabolomics studies, metabolite identification and annotation is the main bottleneck. In this project an R-based annotation algorithm based on in-source fragmentation is implemented, comparing features from MS1 data from public studies with MS/MS spectra from NIST library. Thus, many identitites will be asigned for previously unknown metabolites and molecules. In turn, comparison and analysis of the metabolites annotated across different studies will be done, obtaining information of different metabolic pathways and understanding differences between species or subjects. Also, metabolite-metabolite associations with high correlation will be analysed across the studies, providing deeper insights.
Matèria: Bioquímica i biotecnologia
Idioma: en
Àrees temàtiques: Bioquímica i biotecnologia Biochemistry and biotechnology Bioquímica y biotecnología
Departament: Enginyeria Electrònica, Elèctrica i Automàtica
Estudiant: Orts Macip, Pau
Curs acadèmic: 2023-2024
Títol en diferents idiomes: Anàlisi a gran escala de conjunts de dades metabolòmiques Large scale analysis of metabolomics datasets Análisis a gran escala de conjuntos de datos metabolómicos
Data de la defensa del treball: 2024-07-20
Drets d'accés: info:eu-repo/semantics/openAccess
Paraules clau: Metabolòmica, in-source fragments, annotació Metabolomics, in-source fragments, anotation Metabolómica, in-source fragments, anotación
Confidencialitat: Si
Títol en la llengua original: Large scale analysis of metabolomics datasets
Director del projecte: Domingo Almenara, Xavier
Ensenyament(s): Enginyeria Biomèdica
Entitat: Universitat Rovira i Virgili (URV)
Repositori URV