Data d'alta al repositori: 2025-03-03
Resum: Blood and cerebrospinal fluid are two biofluids with very important functions in the human body. To study these two biofluids, multi-omics analysis and pathway analysis are necessary. Therefore, a source of information that includes all the omics data of these biofluids is needed in order to conduct comparative studies and and metabolic pathway analysis. With the current information sources available on the internet, this is not possible, as many of them do not contain specific information about the fluids, are incomplete, outdated, and have redundant information. Therefore, the LifeFluids project emerged with the objective of creating multi-omics databases of the composition of the body's biofluids. In this final degree project, two unified databases were created for blood and cerebrospinal fluid, compiling information on their composition of metabolites, proteins, transcripts, and chemical elements. Afterwards, multi-omics profiling and pathway analysis were performed with the obtained data to evaluate the metabolic pathways involving both biofluids. The methodology involved identifying necessary and available sources for collecting information on the mentioned omics, creating the databases, studying correlations between the two biofluids to identify common elements, and analyzing metabolic pathways. For the creation of the databases, existing information sources were consulted and integrated, such as recognized online databases like the Human Metabolome Database (HMDB), Vesiclepedia (VSCP), and Marker DB (MDB), among others. Additionally, literature and repositories were consulted. These sources use different nomenclatures, so standardized identifiers were needed to normalize the data included in our database: InChIKey for metabolites and chemical elements, Uniprot ID for proteins, and HGNC ID for transcripts. As a result, the Life Fluids database for blood contains 90.482 metabolites, 15.763 proteins, 1.463 transcripts, and 98 chemical elements. The Life Fluids database for cerebrospinal fluid contains 2.090 metabolites, 5.447 proteins, 1.431 transcripts, and 47 chemical elements. Afterwards, all this data was used to investigate associated diseases by studying the metabolic pathways involved in each biofluid and the consequences that their perturbations could have. The newly created databases provide a valuable resource for researchers studying these biofluids, enabling a more comprehensive analysis of the previously existing data. La sang i el líquid cefaloraquidi són dos biofluids amb funcions molt importants en el cos humà. Per estudiar aquests dos biofluids calen anàlisis multiòmiques i anàlisis de vies. Per tant, es necessita una font d'informació que inclogui totes les dades òmiques d'aquests biofluids per tal de realitzar estudis comparatius i anàlisis de vies metabòliques. Amb les actuals fonts d'informació disponibles a Internet, ja que moltes d'aquestes fonts d'informació concretes no són possibles a Internet, ja que moltes d'aquestes fonts d'informació concretes no són possibles a Internet, ja que no hi ha informació específica. estan incomplets, no actualitzats i tenen informació redundant. Per això, va sorgir el projecte LifeFluids amb l'objectiu de crear bases de dades multiòmiques de la composició dels biofluids del cos. En aquest treball de fi de grau es van crear dues bases de dades unificades de sang i líquid cefaloraquidi, recopilant informació sobre la seva composició de metabòlits, proteïnes, transcripcions i elements químics. Posteriorment, es va realitzar un perfil multiòmic i una anàlisi de vies amb les dades obtingudes per avaluar les vies metabòliques que impliquen ambdós biofluids. La metodologia va implicar identificar les fonts necessàries i disponibles per a la recollida d'informació sobre els esmentats òmics, crear les bases de dades, estudiar les correlacions entre els dos biofluids per identificar elements comuns i analitzar les vies metabòliques. Per a la creació de les bases de dades es van consultar i integrar fonts d'informació existents, com ara bases de dades reconegudes en línia com la Human Metabolome Database (HMDB), Vesiclepedia (VSCP) i Marker DB (MDB), entre d'altres. A més, es va consultar literatura i repositoris. Aquestes fonts utilitzen diferents nomenclatures, de manera que es necessitaven identificadors estandarditzats per normalitzar les dades incloses a la nostra base de dades: InChIKey per als metabòlits i elements químics, Uniprot ID per a proteïnes i HGNC ID per a les transcripcions. Com a resultat, la base de dades Life Fluids per a la sang conté 90.482 metabòlits, 15.763 proteïnes, 1.463 transcripcions i 98 elements químics. La base de dades Life Fluids per al líquid cefaloraquidi conté 2.090 metabòlits, 5.447 proteïnes, 1.431 transcripcions i 47 elements químics. Tot seguit, totes aquestes dades es van utilitzar per investigar malalties associades estudiant les vies metabòliques implicades en cada biofluid i les conseqüències que podien tenir les seves pertorbacions. Les bases de dades de nova creació proporcionen un recurs valuós per als investigadors que estudien aquests biofluids, permetent una anàlisi més completa de les dades existents anteriorment.
Matèria: Bioquímica i biotecnologia
Idioma: en
Àrees temàtiques: Bioquímica y biotecnología Biochemistry and biotechnology Bioquímica i biotecnologia
Departament: Enginyeria Electrònica, Elèctrica i Automàtica
Estudiant: Margalef Burgos, Annabel
Curs acadèmic: 2023-2024
Títol en diferents idiomes: Perfilado integrativo multi-ómico y análisis de vías metabólicas para biofluidos humanos Integrative multi-omics profiling and pathway analysis for human biofluids Perfilat integratiu multi-ómic i anàlisi de vies metabòliques per a biofluids humans
Data de la defensa del treball: 2024-07-20
Drets d'accés: info:eu-repo/semantics/openAccess
Paraules clau: Sangre, CSF, bases de datos, metabólitos, proteínas, transcripts, elementos químicos, perfilado multi-ómico, análisis de vias metabólicas Blood, CSF, databases, metabolites, proteins, transcripts, chemical elements, multi-omics profiling, pathway analysis Sang, CSF, bases de dades, metabòlits, proteïnes, transcripts, elements químics, perfilat multi-òmic, anàlisi de vies metabòliques
Confidencialitat: Si
Títol en la llengua original: Integrative multi-omics profiling and pathway analysis for human biofluids
Director del projecte: Villalba Ordóñez, Héctor
Ensenyament(s): Enginyeria Biomèdica
Entitat: Universitat Rovira i Virgili (URV)
Repositori URV