Perfilat integratiu multi-ómic i anàlisi de vies metabòliques per a biofluids humans

Identificador:  TFG:8123

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFG8123

Autors:  Margalef Burgos, Annabel

Resum:
La sang i el líquid cefaloraquidi són dos biofluids amb funcions molt importants en el cos humà. Per estudiar aquests dos biofluids calen anàlisis multiòmiques i anàlisis de vies. Per tant, es necessita una font d'informació que inclogui totes les dades òmiques d'aquests biofluids per tal de realitzar estudis comparatius i anàlisis de vies metabòliques. Amb les actuals fonts d'informació disponibles a Internet, ja que moltes d'aquestes fonts d'informació concretes no són possibles a Internet, ja que moltes d'aquestes fonts d'informació concretes no són possibles a Internet, ja que no hi ha informació específica. estan incomplets, no actualitzats i tenen informació redundant. Per això, va sorgir el projecte LifeFluids amb l'objectiu de crear bases de dades multiòmiques de la composició dels biofluids del cos. En aquest treball de fi de grau es van crear dues bases de dades unificades de sang i líquid cefaloraquidi, recopilant informació sobre la seva composició de metabòlits, proteïnes, transcripcions i elements químics. Posteriorment, es va realitzar un perfil multiòmic i una anàlisi de vies amb les dades obtingudes per avaluar les vies metabòliques que impliquen ambdós biofluids. La metodologia va implicar identificar les fonts necessàries i disponibles per a la recollida d'informació sobre els esmentats òmics, crear les bases de dades, estudiar les correlacions entre els dos biofluids per identificar elements comuns i analitzar les vies metabòliques. Per a la creació de les bases de dades es van consultar i integrar fonts d'informació existents, com ara bases de dades reconegudes en línia com la Human Metabolome Database (HMDB), Vesiclepedia (VSCP) i Marker DB (MDB), entre d'altres. A més, es va consultar literatura i repositoris. Aquestes fonts utilitzen diferents nomenclatures, de manera que es necessitaven identificadors estandarditzats per normalitzar les dades incloses a la nostra base de dades: InChIKey per als metabòlits i elements químics, Uniprot ID per a proteïnes i HGNC ID per a les transcripcions. Com a resultat, la base de dades Life Fluids per a la sang conté 90.482 metabòlits, 15.763 proteïnes, 1.463 transcripcions i 98 elements químics. La base de dades Life Fluids per al líquid cefaloraquidi conté 2.090 metabòlits, 5.447 proteïnes, 1.431 transcripcions i 47 elements químics. Tot seguit, totes aquestes dades es van utilitzar per investigar malalties associades estudiant les vies metabòliques implicades en cada biofluid i les conseqüències que podien tenir les seves pertorbacions. Les bases de dades de nova creació proporcionen un recurs valuós per als investigadors que estudien aquests biofluids, permetent una anàlisi més completa de les dades existents anteriorment.