Broad-scoped characterization of the Escherichia coli metabolome with LC-MS1 and LC-MS2

Identifier:  TFG:4421

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFG4421

Authors:  Giné Bertomeu, Roger

Abstract:
Un dels principals problemes de la metabolòmica no dirigida (untargeted) és la baixa cobertura de metabòlits identificats. Presentem un software de metabolòmica semi-dirigida per l’anàlisi de dades LC-MS1 i LC-MS2 (RHermes), que permet la identificació de milers de compostos presents en una mostra. L’estratègia es basa en una anotació específica de les dades MS1 a partir d’una base de dades de formules moleculars i adductes, seguida d’una adquisició de dades LC-MS2 per identificar els compostos. Per validar l’especificitat biològica d’Hermes, s’han analitzat mostres d’Escherichia coli cultivada en un medi marcat amb 13C-glucosa i un medi control sense marcar.