Optimization and parallelization of an algorithm to perform a nestedness test of a binary matrix

Identifier:  TFG:8289

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFG8289

Authors:  Ferrero Ramos, Arey

Abstract:
En el grup de recerca SEES:lab es va dissenyar un algorisme en Python per esbrinar si la microbiota intestinal d'un conjunt de vertebrats segueix un patró nested. No obstant, aquest algorisme trigava massa temps en proporcionar els resultats i se n'ha volgut millorar el rendiment. Per tant, s’ha traduït el codi a C, s'han optimitzat algunes seccions i s'ha aplicat paral·lelisme amb OpenMP i MPI. A més, s’han fet proves d’execució en les màquines del zoo Orca i Pop i en la Sala dels Mac per avaluar l’evolució al augmentar el número d’unitats d’execució.