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Null diffusion-based enrichment for metabolomics data

  • Datos identificativos

    Identificador:  imarina:3715450
    Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/imarina3715450
    Autores:  Picart-Armada, Sergio; Fernandez-Albert, Francesc; Vinaixa, Maria; Rodriguez, Miguel A; Aivio, Suvi; Stracker, Travis H; Yanes, Oscar; Perera-Lluna, Alexandre
    Resumen:
    Metabolomics experiments identify metabolites whose abundance varies as the conditions under study change. Pathway enrichment tools help in the identification of key metabolic processes and in building a plausible biological explanation for these variations. Although several methods are available for pathway enrichment using experimental evidence, metabolomics does not yet have a comprehensive overview in a network layout at multiple molecular levels. We propose a novel pathway enrichment procedure for analysing summary metabolomics data based on sub-network analysis in a graph representation of a reference database. Relevant entries are extracted from the database according to statistical measures over a null diffusive process that accounts for network topology and pathway crosstalk. Entries are reported as a sub-pathway network, including not only pathways, but also modules, enzymes, reactions and possibly other compound candidates for further analyses. This provides a richer biological context, suitable for generating new study hypotheses and potential enzymatic targets. Using this method, we report results from cells depleted for an uncharacterised mitochondrial gene using GC and LC-MS data and employing KEGG as a knowledge base. Partial validation is provided with NMR-based tracking of 13C glucose labelling of these cells.

  • Otros:

    Enlace a la fuente original: https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0189012
    Referencia de l'ítem segons les normes APA: Picart-Armada, Sergio; Fernandez-Albert, Francesc; Vinaixa, Maria; Rodriguez, Miguel A; Aivio, Suvi; Stracker, Travis H; Yanes, Oscar; Perera-Lluna, A (2017). Null diffusion-based enrichment for metabolomics data. Plos One, 12(12), 467-. DOI: 10.1371/journal.pone.0189012
    Referencia al articulo segun fuente origial: Plos One. 12 (12): 467-
    DOI del artículo: 10.1371/journal.pone.0189012
    Año de publicación de la revista: 2017
    Entidad: Universitat Rovira i Virgili
    Versión del articulo depositado: info:eu-repo/semantics/publishedVersion
    Fecha de alta del registro: 2025-01-28
    Autor/es de la URV: Rodríguez Chacón, Matilde / Vinaixa Crevillent, Maria / Yanes Torrado, Óscar
    Departamento: Enginyeria Electrònica, Elèctrica i Automàtica
    URL Documento de licencia: https://repositori.urv.cat/ca/proteccio-de-dades/
    Tipo de publicación: Journal Publications
    ISSN: 19326203
    Autor según el artículo: Picart-Armada, Sergio; Fernandez-Albert, Francesc; Vinaixa, Maria; Rodriguez, Miguel A; Aivio, Suvi; Stracker, Travis H; Yanes, Oscar; Perera-Lluna, Alexandre
    Acceso a la licencia de uso: https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/es/
    Áreas temáticas: Zootecnia / recursos pesqueiros, Sociology, Sociología, Serviço social, Saúde coletiva, Química, Psychology, Psicología, Planejamento urbano e regional / demografia, Odontología, Nutrição, Multidisciplinary sciences, Multidisciplinary, Medicine (miscellaneous), Medicina veterinaria, Medicina iii, Medicina ii, Medicina i, Materiais, Matemática / probabilidade e estatística, Linguística e literatura, Letras / linguística, Interdisciplinary research in the social sciences, Interdisciplinar, Human geography and urban studies, History & philosophy of science, Historia, Geografía, Geociências, General medicine, General biochemistry,genetics and molecular biology, General agricultural and biological sciences, Farmacia, Environmental studies, Ensino, Engenharias iv, Engenharias iii, Engenharias ii, Engenharias i, Enfermagem, Educação física, Educação, Economia, Direito, Demography, Comunicação e informação, Ciências sociais aplicadas i, Ciências biológicas iii, Ciências biológicas ii, Ciências biológicas i, Ciências ambientais, Ciências agrárias i, Ciência política e relações internacionais, Ciência de alimentos, Ciência da computação, Biotecnología, Biology, Biodiversidade, Biochemistry, genetics and molecular biology (miscellaneous), Astronomia / física, Arquitetura, urbanismo e design, Archaeology, Antropologia / arqueologia, Anthropology, Agricultural and biological sciences (miscellaneous), Administração, ciências contábeis e turismo, Administração pública e de empresas, ciências contábeis e turismo
    Direcció de correo del autor: maria.vinaixa@urv.cat, oscar.yanes@urv.cat, matilde.rodriguez@urv.cat, maria.vinaixa@urv.cat

  • Palabras clave:

    Tool
    Pathways
    Models
    theoretical
    Metabolomics
    Magnetic resonance spectroscopy
    Lc/ms
    Algorithms
    Agricultural and Biological Sciences (Miscellaneous)
    Biochemistry
    Genetics and Molecular Biology (Miscellaneous)
    Biology
    Medicine (Miscellaneous)
    Multidisciplinary
    Multidisciplinary Sciences
    Zootecnia / recursos pesqueiros
    Sociology
    Sociología
    Serviço social
    Saúde coletiva
    Química
    Psychology
    Psicología
    Planejamento urbano e regional / demografia
    Odontología
    Nutrição
    Medicina veterinaria
    Medicina iii
    Medicina ii
    Medicina i
    Materiais
    Matemática / probabilidade e estatística
    Linguística e literatura
    Letras / linguística
    Interdisciplinary research in the social sciences
    Interdisciplinar
    Human geography and urban studies
    History & philosophy of science
    Historia
    Geografía
    Geociências
    General medicine
    General biochemistry
    genetics and molecular biology
    General agricultural and biological sciences
    Farmacia
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