Simulacions de Dinàmica Molecular de Degradadors tipus Molecular Glue: dirigides al complex DDB1-CDK12-Ciclina K per a la degradació selectiva de proteïnes.

Identificador:  TFG:9034

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFG9034

Autors:  Jornet Margalef, Ferran

Resum:
La degradació dirigida de proteïnes mitjançant degradadors de cola molecular és una nova estratègia terapèutica per modular proteïnes difícils de farmacificar com la CDK12. Aquesta tesi explora si les simulacions de dinàmica molecular poden aclarir la base estructural i energètica de la formació del complex DDB1-CDK12-ciclina K mediada per diversos lligands. Es van simular vuit sistemes durant 1 microsegon cadascun. Les simulacions van revelar interaccions clau de residus i van mantenir l'estabilitat del complex. Tot i que una forta afinitat d'unió sovint s'alineava amb la formació del complex, no preveia directament l'eficiència de degradació de la ciclina K. SR-4835 i LL-K12-18 van emergir com els lligands més prometedors a causa dels perfils d'unió favorables i l'activitat in vitro validada.