Creation date in repository: 2020-12-14
Abstract: Lo que se pretende en este trabajo de investigación es desarrollar diversas herramientas bioinformáticas que permitan el estudio de datos procedentes de técnicas de alto rendimiento (Hight-Throughtput). Se trabaja con la base de datos GEO (Gene Expression Omnibus) para poder crear una base de datos sólida con datos de expresión génica de pacientes de diferentes experimentos almacenados en GEO. Se estudia la diferencia en el patrón de expresión génica de genes que codifican para un listado de proteínas de interés y se compara entre diferentes grupos de pacientes. Se implementan diferentes funciones bioinformáticas que permiten el rastreo de la base de datos GEO y la generación de resultados realizando los testos estadísticos correspondientes para el estudio de comorbilidades asociadas a diferentes enfermedades analizando los valores de expresión génica en diferentes pacientes. The aim of this research work is to develop various bioinformatics tools that allow the study of data from high performance techniques (Hight-Throughtput). We are working with the GEO (Gene Expression Omnibus) database to be able to create a solid database with gene expression data from patients from different experiments stored in GEO. The difference in the gene expression pattern of genes encoding a list of proteins of interest is studied and compared between different groups of patients. Different bioinformatics functions are implemented that allow the tracking of the GEO database and the generation of results by performing the corresponding statistical tests for the study of comorbidities associated with different diseases by analyzing the values of gene expression in different patients. El que es pretén en aquest treball d’investigació es desenvolupar diverses eines bioinformàtiques que permetin l’estudi de dades procedents de tècniques d’alt rendiment (Hight-Throughtput). Es treballa amb la base de dades GEO (Gene Expression Omnibus) per poder crear una base de dades sòlida amb dades d’expressió gènica de pacients de diferents experiments emmagatzemats a GEO. S’estudia la diferència en el patró d’expressió gènica de gens que codifiquen per un llistat de proteïnes d’interès i es compara entre diferents grups de pacients. S’implementen diferents funcions bioinformàtiques que permeten al rastreig de la base de dades GEO i la generació de resultats realitzant els testos estadístics corresponents per a l’estudi de comorbiditats associades a diferents malalties analitzant els valors d’expressió gènica en diferents pacients.
Subject: Bioquímica i biotecnologia
Language: cat
Work's codirector: Mas, Xouse
Subject areas: Bioquímica y biotecnología Biochemistry and biotechnology Bioquímica i biotecnologia
Department: Bioquímica i Biotecnologia
Student: Gisbert Bouzas, Cinta
Academic year: 2019-2020
Title in different languages: Desenvolupament i anàlisi d'un conjunt d'eines bioinformàtiques per al rastreig de pacients de la base de dades geo per estudiar i identificar patrons d'expressió gènica i comorbiditats associades Development and analysis of a set of bioinformatic tools for the tracking of patients from the geo database to study and identify gene expression patterns and associated comorbidities Desarrollo y anàlisis de un conjunto de herramientas bioinformáticas para el rastreo de pacientes de la base de datos geo para estudiar y identificar patrones de expressión génica y comorbilidades asociadas
Work's public defense date: 2020-07-15
Access rights: info:eu-repo/semantics/openAccess
Keywords: expressió gènica, eina bioinformàtica, GEO gene expression, bioinformatic tool, GEO expressión génica,erramienta bioinformática, GEO
Confidenciality: No
TFG credits: 9
Title in original language: Desenvolupament i anàlisi d'un conjunt d'eines bioinformàtiques per al rastreig de pacients de la base de dades geo per estudiar i identificar patrons d'expressió gènica i comorbiditats associades
Project director: Beltran Casellas, Gemma
Education area(s): Biotecnologia
Entity: Universitat Rovira i Virgili (URV)
Repositori URV