Creation date in repository: 2023-02-02
Abstract: SARS-CoV-2 is the cause of the new COVID-19 and there is still no definitive cure for the disease. Therefore, it's critical to study the virus's mutational evolution to spot variants that could develop viral resistance to treatments. In this work, we perform a mutation profiling of more than 4,000,000 SARS-CoV-2 genomes. On the other hand, the RT-qPCR tests for SARS-CoV-2 face several difficulties, because as the virus evolves, the approach may lose sensitivity. We measure the number of mismatches between primer sequence and genomic targets. Additionally, we show variant-specific primer design with high sensitivity and specificity to the Omicron variant. El SARS-CoV-2 és la causa de la nova COVID-19 i encara no hi ha cap cura definitiva per a la malaltia. Per tant, és crític estudiar l'evolució mutacional del virus per detectar variants que podrien desenvolupar resistència viral als tractaments. En aquest treball, realitzem un perfil de mutació de més de 4.000.000 de genomes SARS-CoV-2. D'altra banda, les proves RT-qPCR per al SARS-CoV-2 s'enfronten a diverses dificultats, perquè a mesura que el virus evoluciona, l'enfocament pot perdre sensibilitat. Mesurem el nombre de desajustaments entre la seqüència d'encebadors i els objectius genòmics. A més, es mostra un disseny de primer específic de variants amb alta sensibilitat i especificitat a la variant Omicron.
Subject: COVID-19 (Malaltia)
Language: en
Subject areas: Bioquímica i biotecnologia Biochemistry and biotechnology Bioquímica y biotecnología
Department: Bioquímica i Biotecnologia
Student: Novau Ferré, Nil
Academic year: 2021-2022
Title in different languages: Anàlisis mutacional del lloc d'hibridació del SARS-CoV-2 per a primers de RT-qPCR en temps real i disseny de novo de primers específics per a la variant Omicron Mutational analysis of SARS-CoV-2 hybridization sites for real-time RT-qPCR primers and de novo design of Omicron-specific primers Análisis mutacional de los sitios de hibridación del SARS-CoV-2 para primers de RT-qPCR en tiempo real y diseño de novo de primers específicos para la variante Omicron
Work's public defense date: 2022-06-20
Access rights: info:eu-repo/semantics/openAccess
Keywords: SARS-CoV-2, anàlisi genòmic, disseny de primers SARS-CoV-2, genomic analysis, primers design SARS-CoV-2, análisis genómico, diseño de primers
Confidenciality: No
TFG credits: 9
Title in original language: Mutational analysis of SARS-CoV-2 hybridization sites for real-time RT-qPCR primers and de novo design of Omicron-specific primers
Project director: Garcia-Vallvé, Santi
Education area(s): Biotecnologia
Entity: Universitat Rovira i Virgili (URV)
Repositori URV