Creation date in repository: 2023-12-18
Abstract: Metabolite identification is a challenging task in untargeted liquid chromatography-mass spectrometry-based metabolomics. Annotation, the process of associating ion features with molecules, is crucial for identifying metabolites. This study compared two popular software programs, CAMERA and CliqueMS, for peak annotation using the R programming language. Various functions from these packages were used to annotate adducts, neutral losses, and isotopes in 29 samples. Pseudospectra associated with each feature group were evaluated using reference metabolite spectra from the NIST database. The software selection depends on sample properties and experimental objectives. CliqueMS provides detailed annotation, while CAMERA pseudospectra align more accurately with reference spectra, improving metabolite identification. La identificació de metabòlits és una tasca difícil en la metabolòmica basada en cromatografia líquida i espectrometria de masses no dirigida. L'anotació, el procés d'associar les característiques dels ions amb les molècules, és crucial per identificar els metabòlits. Aquest estudi va comparar dos programes de programari populars, CAMERA i CliqueMS, per a l'anotació màxima mitjançant el llenguatge de programació R. Es van utilitzar diverses funcions d'aquests paquets per anotar adductes, pèrdues neutres i isòtops en 29 mostres. Els pseudoespectres associats a cada grup de característiques es van avaluar mitjançant espectres de metabòlits de referència de la base de dades NIST. La selecció del programari depèn de les propietats de la mostra i dels objectius experimentals. CliqueMS proporciona una anotació detallada, mentre que els pseudoespectres de CAMERA s'alineen amb més precisió amb els espectres de referència, millorant la identificació de metabòlits.
Subject: Espectrometria de masses
Language: en
Work's codirector: Soliz Rueda, Jorge Ricardo
Subject areas: Bioquímica y biotecnología Biochemistry and biotechnology Bioquímica i biotecnologia
Department: Bioquímica i Biotecnologia
Student: Vall Carabasa, Júlia
Academic year: 2022-2023
Title in different languages: Analisis comparativo entre dos software basados en R para la anotación de picos en datos de metabolomica no dirigida. Anàlisi comparatiu entre dos software basats en R per l'annotació de pics en bades de metabolòmica no dirigida.
Work's public defense date: 2023-06-21
Access rights: info:eu-repo/semantics/openAccess
Keywords: Espectrometría de masas, metabolomica, aductos, picos, metabolitos, pseudoespectros, CAMERA, CliqueMS Mass spectrometry, metabolomics, adducts, peaks, metabolites, pseudospectrum, CAMERA, CliqueMS. Espectrometria de masses, metabolòmica, adductes, pics, metabòlits, pseudoespectres, CAMERA, CliqueMS
Confidenciality: No
Title in original language: Comparative analysis between two R-based software for peak annotation in untargeted metabolomics data
Project director: Domingo Almenara, Xavier
Education area(s): Bioquímica i Biologia Molecular
Entity: Universitat Rovira i Virgili (URV)
Repositori URV