Cerca de gens relacionats amb la fagocitosi anotats a KEGG en eucariotes microbians marins

Identificador:  TFM:2517

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFM2517

Autors:  Marimon Fernandez, Guillem

Resum:
La fagocitosi és una funció ecològica clau en els eucariotes microbians marins, però la seva base genètica en protists no cultivats continua sent poc coneguda. Vam seleccionar 194 ortòlegs KEGG (KO) de les vies del fagosoma i el lisosoma i en vam avaluar la presència en genomes de referència d'EukProt i en genomes amplificats a partir de cèl·lules individuals (SAG). En comparar eggNOG-mapper i HMMER, vam observar que HMMER és més precís, especialment en el cas de genomes incomplets. Molts gens relacionats amb la fagocitosi i anotats en animals també es van detectar en protists. Els nostres resultats posen de relleu la utilitat de les anotacions basades en KEGG i dels SAG per explorar trets funcionals i evolutius en protists marins no cultivats.