Búsqueda de genes relacionados con la fagocitosis anotados en KEGG en eucariotas microbianos marinos

Identificador:  TFM:2517

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFM2517

Autores:  Marimon Fernandez, Guillem

Resumen:
La fagocitosis es una función ecológica clave en los eucariotas microbianos marinos, pero sus bases genéticas en protistas no cultivados siguen siendo poco conocidas. Seleccionamos y verificamos 194 ortólogos KEGG (KO) pertenecientes a las rutas del fagosoma y el lisosoma, y ​​evaluamos su presencia en genomas de referencia de EukProt y en genomas amplificados a partir de células individuales (SAG). Al comparar eggNOG-mapper y HMMER, determinamos que HMMER es más preciso, especialmente en el caso de genomas incompletos. Muchos genes relacionados con la fagocitosis, previamente anotados en animales, también se detectaron en protistas. Nuestros resultados subrayan la utilidad de las anotaciones basadas en KEGG y de los SAG para explorar rasgos funcionales y evolutivos en protistas marinos no cultivados.