Predicció de la afinitat de factors de transcripció en presència de metilació per un algoritme de Machine Learning.

Identificador:  TFG:9021

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFG9021

Autors:  Rodríguez Riera, Pau

Resum:
En aquest TFG avaluarem l'efecte que la metilació de la 5-metilcitosina pot causar a l'afinitat de certs factors de transcripció i el seu corresponent lloc d'unió de factors de transcripció. Utilitzarem DNAffinity, un algoritme d'aprenentatge automàtic que prediu l'afinitat per un lloc d'unió de factors de transcripció específic entrenat amb dades experimentals. Aquest és un TFG tècnic, integrarem i uniformarem diferents seccions del codi, desenvolupades prèviament, per tal de permetre que funcioni amb metilació, per poder reduir les seves dependències i simplificar la seva execució. Sembla que només prediu correctament les afinitats amb dades HT-SELEX.