Prediction of transcription factor binding affinity upon cytosine methylation by using a machine learning algorithm.

Creation date in repository: 2025-12-03

Abstract: En este TFG, evaluaremos el efecto que la metilación de la 5-metilcitosina puede causar en la afinidad de ciertos factores de transcripción y su correspondiente sitio de unión. Utilizaremos DNAffinity, un algoritmo de aprendizaje automático que predice la afinidad por un sitio de unión de un factor de transcripción específico, entrenado con datos experimentales. Este TFG es técnico; integraremos y uniformizaremos diferentes secciones del código, previamente desarrolladas, para que funcione con la metilación, reduciendo sus dependencias y simplificando su ejecución. Parece que solo predice correctamente las afinidades con datos HT-SELEX.; In this TFG we will assess the effect that 5-methylcytosine methylation can cause to the affinity of certain transcription factors and their corresponding transcription factor binding site. We will use DNAffinity, a machine learning algorithm that predicts affinity for a specific transcription factor binding site trained on experimental data. This is a technical TFG, we will integrate and uniform different sections of the code, previously developed, in order allow it to work with methylation, to be able to reduce its dependencies and simplify its execution. It seems to only predict affinities correctly with HT-SELEX data.; En aquest TFG avaluarem l'efecte que la metilació de la 5-metilcitosina pot causar a l'afinitat de certs factors de transcripció i el seu corresponent lloc d'unió de factors de transcripció. Utilitzarem DNAffinity, un algoritme d'aprenentatge automàtic que prediu l'afinitat per un lloc d'unió de factors de transcripció específic entrenat amb dades experimentals. Aquest és un TFG tècnic, integrarem i uniformarem diferents seccions del codi, desenvolupades prèviament, per tal de permetre que funcioni amb metilació, per poder reduir les seves dependències i simplificar la seva execució. Sembla que només prediu correctament les afinitats amb dades HT-SELEX.

Subject: Algoritmes

Language: en

Subject areas: Bioquímica y biotecnología; Biochemistry and biotechnology; Bioquímica i biotecnologia

Department: Bioquímica i Biotecnologia

Student: Rodríguez Riera, Pau

Academic year: 2024-2025

Title in different languages: Predicción de la afinidad de factores de transcripción en presencia de metilación por un algoritmo de Machine Learning.; Predicció de la afinitat de factors de transcripció en presència de metilació per un algoritme de Machine Learning.

Work's public defense date: 2025-06-20

Access rights: info:eu-repo/semantics/openAccess

Keywords: machine learning (ML), factores de transcripcion, metilación; machine learning (ML), transcription factor, methylation; machine learning (ML), factors de transcripció, metilació

Confidenciality: No

Title in original language: Prediction of transcription factor binding affinity upon cytosine methylation by using a machine learning algorithm.

Project director: Fernández Larrea, Juan Bautista

Education area(s): Bioquímica i Biologia Molecular

Entity: Universitat Rovira i Virgili (URV)