Predicción de la afinidad de factores de transcripción en presencia de metilación por un algoritmo de Machine Learning.

Identificador:  TFG:9021

Handle: https://hdl.handle.net/20.500.11797/TFG9021

Autores:  Rodríguez Riera, Pau

Resumen:
En este TFG, evaluaremos el efecto que la metilación de la 5-metilcitosina puede causar en la afinidad de ciertos factores de transcripción y su correspondiente sitio de unión. Utilizaremos DNAffinity, un algoritmo de aprendizaje automático que predice la afinidad por un sitio de unión de un factor de transcripción específico, entrenado con datos experimentales. Este TFG es técnico; integraremos y uniformizaremos diferentes secciones del código, previamente desarrolladas, para que funcione con la metilación, reduciendo sus dependencias y simplificando su ejecución. Parece que solo predice correctamente las afinidades con datos HT-SELEX.