Creation date in repository: 2020-12-16
Abstract: Los activity cliffs son parejas de compuestos que representan estructuras muy similares pero que tienen una diferencia de actividad muy alta. Estos permiten capturar modificaciones químicas que influyen en la actividad biológica, por lo que son de gran utilidad e interés en el análisis de la relación estructura-actividad de los compuestos. En este proyecto se han buscado activity cliffs entre moléculas que inhiben la Mpro del SARSCoV- 2 i moléculas que no la inhiben. Para hacerlo se ha desarrollado una aplicación que permite encontrar activity cliffs mediante la representación en un dendrograma de las moléculas de dos arxivos según la similitud entre estos (un archivo para las moléculas que inhiben la Mpro del SARS-CoV-2 I moléculas que no la inhiben). Para calcular la similitud entre moléculas se utilizan fingerprints I el cálculo del índice de Tanimoto entre los fingerprints de las diferentes moléculas. La aplicación permite diferenciar qué compuestos pertenecen a cada archivo I muestra la estructura de las moléculas cuando el usuario interacciona con el nombre de estas en el dendrograma. En total se han encontrado 18 activity cliffs entre todas las moléculas analizadas. Activity cliffs are pairs of compounds that have similar structures but that have an activity difference that is very high. These allow to capture chemical modifications that have impact on the biological activity of a compound, which makes them be very useful and interesting in the analysis of the structure-activity relations of compounds. In this project a search for activity cliffs has been made between compounds that inhibit the SARS-CoV-2 Mpro and compounds that don’t. To do so I developed an application that allows to find activity cliffs using the representation of compounds in a dendrogram based on the similarity of compounds found in two files (a file that contains the compounds that inhibit the Mpro and a file that contains the compounds that don’t inhibit it). To calculate the similarity between compounds molecular fingerprints have been used along with the calculation of the Tanimoto index between the fingerprints of pairs of compounds. The application allows us to differentiate which compounds are from each file, and it also allows us to see the structure of the compounds when the user interacts with the name of a compound. A total of 18 activity cliffs have been identified between all analysed compounds. Els activity cliffs són parelles de compostos que presenten estructures molt similars però que tenen una diferència d’activitat molt alta. Aquests permeten capturar modificacions químiques que influeixen en l’activitat biològica, pel que són de gran utilitat i interès en l'anàlisi de la relació estructura-activitat dels compostos. En aquest projecte s’han buscat activity cliffs entre molècules que inhibeixen la Mpro del SARS-CoV-2 i molècules que no l’inhibeixen. Per a fer-ho s’ha desenvolupat una aplicació que permet trobar activity cliffs mitjançant la representació en un dendrograma de les molècules de dos arxius segons la seva similitud (un arxiu per a les molècules que inhibeixen la Mpro i un altre per a les que no l’inhibeixen). Per a calcular la similitud entre molècules s’utilitzen fingerprints i el càlcul de l’índex de Tanimoto entre els fingerprints de les diferents molècules. L’aplicació permet diferenciar quins compostos pertanyen a cada arxiu i mostra l’estructura de les molècules quan l’usuari interacciona amb el nom d’aquestes al dendrograma. En total s’han trobat 18 activity cliffs entre totes les molècules analitzades.
Subject: Bioquímica i biotecnologia
Language: cat
Subject areas: Bioquímica y biotecnología Biochemistry and biotechnology Bioquímica i biotecnologia
Department: Bioquímica i Biotecnologia
Student: Albert Cañamero, Òscar
Academic year: 2019-2020
Title in different languages: Identificació d'activity cliffs en compostos que s'uneixen a la proteasa Mpro del SARS-CoV-2 Identification of activity cliffs in compounds that bind to the SARS-CoV-2 Mpro Identificación de activity cliffs en compuestos que se unen a la proteasa Mpro del SARS-CoV-2
Work's public defense date: 2020-11-27
Access rights: info:eu-repo/semantics/openAccess
Keywords: activity cliff, Mpro SARS-CoV-2, Fingerprints moleculars activity cliff, Mpro SARS-CoV-2, Fingerprints moleculars activity cliff, Mpro SARS-CoV-2, Fingerprints moleculares
Confidenciality: No
Title in original language: Identificació d'activity cliffs en compostos que s'uneixen a la proteasa Mpro del SARS-CoV-2
Project director: Pujadas Anguiano, Gerard
Education area(s): Biotecnologia
Entity: Universitat Rovira i Virgili (URV)
Repositori URV