Treballs Fi de Grau> Enginyeria Informàtica i Matemàtiques

Porting genomics pipelines to the cloud, serverless computing as an avenue for scalable variant calling

  • Datos identificativos

    Identificador: TFG:5664
    Autores:
    Roca i Canals, Xavier
  • Otros:

    Fecha de alta en el repositorio: 2023-02-09
    Resumen: Nowadays, analyzing large volumes of data locally has become impractical due to the computational and storage limits of personal computers. In response, the concept of cloud computing and the serverless paradigm appears. Lithops framework emerges to facilitate the development of cloud applications, based on the serverless FaaS (Function as a Service) model. In this project we present the migration to the cloud of a local pipeline for genomics data analysis based on the use of Lithops from the development and implementation of a distributed architecture based on the MapReduce model for the parallelization of the final phase of the pipeline. Avui en dia, l'anàlisi de grans volums de dades localment s'ha tornat poc pràctic a causa dels límits computacionals i d'emmagatzematge dels ordinadors personals. Com a resposta, apareix el concepte de computació en núvol i el paradigma serverless. Lithops framework emergeix per facilitar el desenvolupament d'aplicacions de núvol, basat en el model serverless FaaS (Function as a Service). En aquest projecte presentem la migració al núvol d'un pipeline local per a l'anàlisi de dades de genòmica basada en l'ús de Lithops des del desenvolupament i implementació d'una arquitectura distribuïda basada en el model MapReduce per a la paral·lelització de la fase final del pipeline.
    Materia: Computació en núvol
    Idioma: en
    Codirector del trabajo: Eizaguirre Suarez, German Telmo
    Áreas temáticas: Ingeniería informática Computer engineering Enginyeria informàtica
    Departamento: Enginyeria Informàtica i Matemàtiques
    Estudiante: Roca i Canals, Xavier
    Curso académico: 2021-2022
    Título en diferentes idiomas: Traslladar pipelines de genòmica al núvol, computació serverless com a via per al variant calling escalable Porting genomics pipelines to the cloud, serverless computing as an avenue for scalable variant calling Trasladar pipelines de genómica a la nube, computación serverless como vía para el variant calling escalable
    Fecha de la defensa del treball: 2022-06-22
    Derechos de acceso: info:eu-repo/semantics/openAccess
    Palabras clave: Serverless, Núvol, MapReduce Serverless, Cloud, MapReduce Serverless, Nube, MapReduce
    Confidencialidad: No
    Créditos del TFG: 12
    Título en la lengua original: Porting genomics pipelines to the cloud, serverless computing as an avenue for scalable variant calling
    Director del proyecto: García López, Pedro
    Enseñanza(s): Enginyeria Informàtica
    Entidad: Universitat Rovira i Virgili (URV)
  • Palabras clave:

    Ingeniería informática
    Computer engineering
    Enginyeria informàtica
    Computació en núvol
  • Documentos:

  • Cerca a google

    Search to google scholar