Comparison of spatial transcriptomics technologies across six cancer types

Palabras clave: cáncer, biologia espacial, comparativa; cancer, spatial biology, benchmark; càncer, biologia espacial, comparativa

Título en diferentes idiomas: Comparación de tecnologias de transcriptómica espacial en seis tipos de tumores; Comparació de tecnologies de transcriptòmica espacial en sis tipus de càncer

Áreas temàticas: Ciencias de la salud; Health sciences; Ciències de la salut

Confidencialidad: No

Curso académico: 2023-2024

Estudiante: Cervilla García, Sergi

APS: No

Departamento: Enginyeria Informàtica i Matemàtiques

Derechos de Accesso: info:eu-repo/semantics/openAccess

Fecha de la defensa del trabajo: 2024-06-20

Director del proyecto: Vinaixa Crevillent, Maria

Resumen: Spatial biology integrates molecular and histological landscapes to reveal tissue biology's architecture, crucial for understanding complex multicellular tissues. Advanced spatial transcriptomics platforms characterize gene expression spatially, transforming our knowledge of cellular organization and communication. This is vital in cancer research, where tumor evolution is influenced by genetic properties, tumor microenvironment, and spatial organization. Comparing four spatial transcriptomics platforms (VISIUM, VISIUM CytAssist, Xenium, and CosMx) and one spatial proteomics platform (VISIUM CytAssist) across six human tumor samples, the study found VISIUM with CytAssist yielded superior data quality. Xenium excelled in gene detection, and multi-omics profiling highlighted RNA-protein expression mismatches, underscoring its importance.; La biologia espacial integra paisatges moleculars i histològics per revelar l'arquitectura de la biologia dels teixits, crucial per entendre teixits multicel·lulars complexos. Les plataformes avançades de transcriptòmica espacial caracteritzen l'expressió gènica espacialment, transformant el nostre coneixement sobre l'organització i la comunicació cel·lular. Això és vital en la investigació del càncer, on l'evolució del tumor està influenciada per les propietats genètiques, el microambient del tumor i l'organització espacial. Comparant quatre plataformes de transcriptòmica espacial (VISIUM, VISIUM CytAssist, Xenium i CosMx) i una plataforma de proteòmica espacial (VISIUM CytAssist) en sis mostres de tumors humans, l'estudi va trobar que VISIUM amb CytAssist va obtenir una qualitat de dades superior. Xenium va excel·lir en la detecció de gens i el perfil multiòmic va destacar els desajustos d'expressió de proteïnes d'ARN, subratllant la seva importància.

Materia: Biologia espacial

Entidad: Universitat Rovira i Virgili (URV)

Idioma: en

Enseñanza(s): Ciència de Dades Biomèdiques

Título en la lengua original: Comparison of spatial transcriptomics technologies across six cancer types

Fecha de alta en el repositorio: 2025-03-13